El 16 de noviembre de 1989, en plena ofensiva guerrillera, un pelotón de soldados bajo el mando del Coronel Guillermo Alfredo Benavides irrumpió en el campus universitario de la UCA y sacó de sus dormitorios a los sacerdotes jesuitas, entre ellos el padre Ignacio Ellacuría, rector de la UCA, y los asesinó, junto a la doméstica y la hija de esta.
Los soldados del Batallón Atlacatl, siguiendo el plan de la macabra operación de exterminio, dejó varios letreros en los que responsabilizaba a la guerrilla del múltiple crimen.
El gobierno de Alfredo Cristiani formó una comisión de alto nivel para viajar alrededor mundo para denunciar a la guerrilla por el abominable crimen.
Con el tiempo se supo que el hecho había sido cometido por un pelotón del Batallón Atlacatl, bajo el mando del coronel Benavides, quien fue recapturado este año, al ser declarada inconstitucional la Ley de Amnistía, la que los liberó de la cárcel a inicios de la década de los 90.
El caso jesuita tuvo muchas repercusiones para el país, debido a que los asesinatos tenían la característica de los delitos de lesa humanidad. Incluso, algunos estudiosos creen que fue un factor determinante, además de la ofensiva guerrillera, para que el Gobierno de Cristiani se sentara con la guerrilla para firmar la paz que puso fin a los 12 años de guerra civil.
La UCA y los familiares de los sacerdotes jesuitas españoles buscaron que además de castigar a los autores materiales se castigara a los autores intelectuales.
Se ha conocido que entre los autores intelectuales figuran todos los altos oficiales que componían el Estado Mayor de la Fuerza Armada en 1989, porque ellos diseñaron el plan o aprobaron el plan para eliminar a los sacerdotes jesuitas y otros líderes de la oposición política y social salvadoreña.
“La noche de los cuchillos largos” fue denominada la clandestina operación para eliminar a la oposición.
De esos militares de alto rango solo el coronel Inocente Montano será llevado a la justicia, pero no en El Salvador sino en España, donde está abierto un proceso sobre el caso jesuitas, y porque finalmente Estados Unidos ha decido extraditarlo a aquel país.